Det finns två typer av fluorescensmikroskop när det gäller deras optiska väg
1. Transmissionsfluorescensmikroskop: Excitationsljuskällan förs genom provmaterialet genom en kondensorlins för att excitera fluorescens. En mörkfältsamlare används vanligtvis, och en vanlig uppsamlare kan också användas för att justera spegeln så att excitationsljuset omdirigeras och förbigås till provet. Detta är ett äldre fluorescerande mikroskop. Fördelen är att fluorescensen är stark vid låg förstoring, men nackdelen är att fluorescensen minskar med ökningen av förstoringen. Därför är det bättre att observera större provmaterial.
2. Epi-fluorescensmikroskop är en ny typ av fluorescensmikroskop som utvecklats i modern tid. Skillnaden är att excitationsljuset faller från objektivlinsen ner till ytan av provet, det vill säga samma objektivlins används som belysningskondensorn och objektivlinsen för att samla fluorescens. En dikroisk stråldelare måste läggas till i ljusvägen, som är 45 grader bort från ljusuranet. Excitationsljuset reflekteras in i objektivlinsen och samlas på provet. Fluorescensen som genereras av provet och excitationsljuset som reflekteras av linsens yta på objektivlinsen och täckglasytan kommer in i objektivlinsen samtidigt och återgår till tvåfärgsstråledelaren för att göra excitationsljuset separerat från fluorescensen , absorberas resterande excitationsljus av blockerande filter. Som att byta till en kombination av olika excitationsfilter/tvåfärgade stråldelare/blockerande filter, kan det möta behoven hos olika fluorescerande reaktionsprodukter. Fördelen med denna typ av fluorescensmikroskop är att belysningen av synfältet är enhetlig, avbildningen är tydlig och ju större förstoring desto starkare fluorescens.
