Det finns två typer av fluorescensmikroskop när det gäller deras optiska vägar:
1. Transmissionsfluorescensmikroskop: Excitationsljuskällan används för att excitera fluorescens genom att passera genom provmaterialet genom en kondensorlins. Vanligt använda mörkfältskoncentratorer kan också användas, och vanliga koncentratorer kan användas för att justera reflektorn för att omdirigera och sidolobar excitationsljuset till provet. Det här är ett relativt gammaldags-fluorescensmikroskop. Dess fördel är stark fluorescens vid låg förstoring, men dess nackdel är att dess fluorescens minskar med ökande förstoring. Därför är det bättre att observera större provmaterial.
2. Fallande ljus fluorescensmikroskop är en ny typ av fluorescensmikroskop som utvecklats i modern tid. Till skillnad från ovanstående faller excitationsljuset från objektivlinsen nedåt på provets yta, med samma objektivlins som belysningskondensorn och objektivlinsen för att samla fluorescens. En dubbelfärgad stråldelare måste läggas till den optiska vägen, som är 45 grader från det lätta uranet. Vinkel, excitationsljuset reflekteras in i objektivlinsen och fokuseras på provet. Fluorescensen som genereras av provet, såväl som excitationsljuset som reflekteras från ytan av objektivlinsen och täckglaset, går in i objektivlinsen och återgår till stråldelaren med två färger, vilket separerar excitationsljuset och fluorescensen. Det kvarvarande excitationsljuset absorberas sedan av blockeringsfiltret. Om olika kombinationer av excitationsfilter/dubbelfärgade strålseparatorer/blockerande filter används kan de tillgodose behoven hos olika fluorescerande reaktionsprodukter. Fördelarna med detta fluorescensmikroskop är enhetlig fältbelysning, tydlig avbildning och starkare fluorescens med större förstoring.
